A SBEM é composta por uma diretoria, eleita por voto dos associados a cada dois anos, durante a realização do Congresso Brasileiro de Endocrinologia e Metabologia; 10 Departamentos Científicos, que respondem por áreas distintas da Endocrinologia e Metabologia; 17 Comissões, ligadas diretamente à Diretoria da Nacional; e por 22 Regionais, presentes em praticamente todos os estados brasileiros.
- Diretoria da Nacional
É o órgão executivo e de administração da SBEM, composta por presidente, vice-presidente, secretário executivo e seu adjunto, tesoureiro geral e seu adjunto. Todos são eleitos pela Assembleia Geral, através de voto dos associados. - Departamentos
São órgãos colegiados de caráter técnico-científico da SBEM, que congrega associados que se dedicam ao estudo ou exercício de determinado setor ou subárea dos conhecimentos endocrinológicos.
- Comissões
São órgãos auxiliares ou de apoio da Diretoria Nacional, no desempenho de determinadas tarefas. Tem caráter permanente ou temporário. São cargos de confiança, indicados pelo presidente da SBEM Nacional.
- Regionais
Tem por finalidade auxiliar a SBEM Nacional na consecução de seus objetivos, atuando sempre sob a coordenação da Diretoria da Nacional, servindo de elo entre ela e os associados de cada estado ou região.