O Departamento de Endocrinologia Feminina, Andrologia e Transgeneridade da SBEM tem como objetivo principal desenvolver e estimular os conhecimentos e as práticas médico-científicas referentes aos hormônios masculinos e femininos.
Além disso, o Departamento é uma fonte confiável de informações, baseadas em evidências científicas. Outra preocupação do Departamento está relacionada ao estímulo à educação e à divulgação de campanhas relacionadas a essa área da Endocrinologia.